Đặc điểm lâm sàng của nhiễm BAV là không đặc hiệu và giống với các bệnh não do arbovirus khác, vì vậy chẩn đoán trong phòng thí nghiệm là cần thiết để xác định BAV là nguyên nhân gây bệnh. Phát hiện các axit nucleic của BAV có thể được thực hiện với phương pháp đoạn dò thủy phân TaqMan, phản ứng tổng hợp chuỗi phiên mã ngược (RT-PCR) khảo nghiệm bằng cách chiết xuất sợi RNA từ một mẫu và đảo ngược sao chép chúng vào phát hiện cDNA.[9] Một xét nghiệm hấp thụ miễn dịch liên kết với enzyme base VP9 (ELISA) cũng có thể được sử dụng để xác định kháng thể với BAV trong huyết thanh và nghiên cứu mức độ ổn định huyết thanh của nhiễm BAV.[10]